Фамилия Муллахматова — это женская форма фамилии Муллахматов, а та, в свою очередь, образована от арабско-тюркского составного имени Муллахмат. Корень здесь двойной: «мулла» (араб. mawlā — господин, духовное лицо, учитель) и «ахмат» (один из вариантов имени Ахмад, «достойный похвалы», один из эпитетов пророка Мухаммеда). Имя Муллахмат в переводе означает «мулла Ахмад» или «учитель Ахмад» — типичная для исламской антропонимии конструкция, где первая часть обозначает статус или профессию, а вторая — личное имя.

Фамилия эта — поздняя, оформилась в XIX веке, когда в Российской империи начали массово закреплять фамилии за мусульманскими народами. Встречается преимущественно у татар, башкир и народов Северного Кавказа (особенно у чеченцев и ингушей). В татарской среде фамилии на -ов/-ев часто давали по имени отца, поэтому основатель рода мог быть просто уважаемым человеком по имени Муллахмат — не обязательно муллой в строгом смысле, но, скорее всего, грамотным, знающим Коран. На Кавказе, где фамилии часто закрепляли по имени деда, Муллахматовы могли происходить от влиятельного религиозного деятеля.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В татарском произношении оно падает на последний слог (Муллахмато́ва), а в русской бытовой речи часто смещается на третий (Муллахма́това). Это типично для фамилий-«гибридов», где арабское имя обработано русским суффиксом. Однокоренные варианты — Муллаахметов, Муллаахматов, Мулламетов — различаются только огласовкой и степенью адаптации к местным говорам.

Никаких дворянских корней у фамилии нет: это фамилия крестьян и духовных служителей, в основном из среды тептярей и государственных крестьян Поволжья. В дореволюционных метрических книгах Муллахматовы встречаются в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. После 1917 года фамилия распространилась шире, но остаётся локальной — её носителей можно встретить в Татарстане, Башкортостане, Чечне и среди диаспор в Средней Азии.