Фамилия Муллаходжаев — составная, и её разумнее разбирать не с конца, а с самого начала, с первого корня. Основа здесь — «мулла», слово арабского происхождения (mawlā), которое в тюркских языках и на Кавказе закрепилось как обозначение мусульманского священнослужителя, знатока Корана, иногда — просто грамотного человека. Второй корень — «ходжа» (персидское khwāja), титул, который на Востоке носили купцы, землевладельцы, а также потомки пророка Мухаммеда или просто уважаемые люди. Вместе «Муллаходжа» — это двойное почётное звание, что-то вроде «господин-священник» или «почтенный мулла», указывающее на высокий социальный статус носителя.

Суффикс «-ев» в данном случае не указывает на русское происхождение, а является типичным для русификации фамилий из тюркских языков и регионов Средней Азии. Когда в XIX–XX веках документировали местное население, к именам и прозвищам добавляли русские патронимические окончания. Так Муллаходжа превратился в Муллаходжаева — «сын Муллаходжи». Фамилия не прошла долгий путь морфологических изменений в русском языке, она была зафиксирована как есть, в готовом виде.

Географически фамилия Муллаходжаев — почти стопроцентный маркер узбекского или таджикского происхождения. Она очень характерна для Узбекистана, особенно для Ферганской долины, Ташкента и Самарканда, где смешение персидских и тюркских элементов в именах — норма. Встречается и среди казахов, но реже, обычно как следствие родственных связей или миграции. Если искать носителей в России, то почти наверняка это потомки выходцев из Средней Азии, часто — из семей, где религиозное образование или торговля были семейным делом.

Словообразовательная модель здесь простая, но нестандартная для русской ономастики: два арабско-персидских корня соединились в одно прозвище, а потом к нему добавили славянский суффикс. Это наглядный пример того, как имперская бюрократия «переводила» местные имена в привычный ей формат. В отличие, скажем, от фамилии Муллаев (только от «мулла»), Муллаходжаев несёт двойную семантическую нагрузку — и религиозный, и светский авторитет. Предки человека с такой фамилией, скорее всего, были не просто муллами, а людьми, сочетавшими духовный сан с заметным положением в общине, возможно, с землёй или торговлей.