Фамилия Мурдускин — одна из тех, что не сразу поддаётся разгадке. Её основа неочевидна, а суффикс -кин указывает на модель, типичную для русского Севера и некоторых поволжских регионов. Вопреки частому мнению, -кин — это не всегда «сын женщины»; в северных говорах этот суффикс мог присоединяться к любой основе, вытесняя более южное -ов.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Мурдуска. В русских диалектах, особенно вятских и пермских, «мурда» — это морда, рыло, а также бранное прозвище неопрятного или угрюмого человека. Уменьшительный суффикс -уск- (-уск-а) вносит оттенок пренебрежения или шутливости: Мурдуска — «маленькая морда» или «мордастый». Соответственно, Мурдускин — «чей-то сын?» — «сын Мурдуски». Прозвища с корнем мурд- фиксируются в ономастиконе С. Б. Веселовского: Мурда, Мурдята, что подтверждает реальность такого именования в допетровской Руси.

Менее вероятна, но возможна версия от финно-угорского субстрата. В коми-пермяцком языке есть слово «мурд» — «ягода» (например, мурдöг — гроздь). Если носитель жил на стыке русских и коми территорий, прозвище Мурдус могло означать «собиратель ягод» или «красный, как ягода». Однако для этой гипотезы нет надёжных письменных подтверждений в фамильных списках.

Географически фамилия Мурдускин — редкая, с явной привязкой к Вятке и Пермской губернии. В метрических книгах XIX века она встречается в Слободском и Глазовском уездах, что косвенно подтверждает диалектную природу основы: именно в вятских говорах слово «мурда» было в ходу. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или мастеровыми — у дворянства такие «простые» прозвища не приживались.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мурдов, Мурдин, Мурдасов. Мурдускин стоит особняком из-за редкого суффикса -уск-. Такая модель встречается, например, в фамилиях Ванюскин, Петрускин, но для основы мурд- она уникальна. Именно эта редкость и делает фамилию ценной для историка языка: она сохранила живую диалектную форму, которая почти исчезла из речи.