Фамилия Мурклинская — одна из тех, что сразу выдают своё географическое происхождение. Она образована по модели, типичной для дворянских и шляхетских фамилий: основа + суффикс -ск-/-цк- и окончание -ая. Такие фамилии в массе своей указывали на место, откуда человек был родом или где владел землёй. В данном случае — это населённый пункт с названием Мурклин или Мурклино.

Скорее всего, речь идёт о деревне или селе, которые существовали на территории исторической Белоруссии, Польши или западных губерний Российской империи. Корень «мурк-» в топонимике этих земель встречается нечасто, но имеет несколько возможных объяснений. Самое прямое — от балтийского или славянского слова, связанного с тёмным, мрачным местом (ср. литовское murkti — «хмуриться»). Либо, что не менее вероятно, от древнего личного имени или прозвища Мурко, которое могло относиться к человеку угрюмого нрава или, наоборот, к тому, кто издавал невнятные звуки, «мурлыкал». В польской ономастике встречается фамилия Murkliński, что подтверждает шляхетский след.

Поскольку фамилия женская (окончание -ая), её носительница — потомок мужчины по фамилии Мурклинский. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего принадлежали мелкопоместному дворянству или духовенству. Если предок был священником, фамилию ему могли дать в семинарии по названию села, где он служил. Если шляхтичем — то по названию имения. Второй вариант для Мурклинских правдоподобнее: суффикс -ин- в основе (Муркл-ин-ский) указывает на принадлежность к конкретному родовому гнезду, то есть на «того, кто из Мурклина».

Сейчас фамилия встречается редко, в основном на западе России и в Беларуси. Её носителям стоит искать корни не в общерусских крестьянских прозвищах, а в конкретной географической точке, которая, вероятно, давно исчезла с карт или сменила название.