Фамилия Мурзеева — женская форма, а мужская, Мурзеев, образована от прозвища или имени Мурзей. Основа здесь — тюркское слово «мурза», которое в переводе означает «князь», «господин», «знатный человек». В татарской и башкирской среде мурзами называли представителей высшего сословия, потомков ордынской знати. Поэтому первая версия происхождения фамилии — указание на знатное происхождение предка, который носил титул или прозвище Мурза.

Однако есть и вторая, более бытовая версия. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, «мурзой» могли называть грязнулю, неряху или ворчуна. Слово это звукоподражательное, связанное с недовольным бормотанием. Поэтому не исключено, что Мурзеевы — потомки человека, получившего такое прозвище за характер или неопрятность.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Мурзеев, то есть сын или потомок Мурзея. Форма на -ей в основе характерна для тюркских имен, которые на русской почве часто получали окончание как у прилагательных (сравните: Алфеев, Хазеев). Географически фамилия Мурзеев встречается чаще всего в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях — в зоне давнего русско-тюркского соседства.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не разбирается отдельно, но её модель типична для фамилий тюркского происхождения, вошедших в русский обиход через прозвища. Интересно, что в дореволюционных метрических книгах встречаются варианты написания: Мурзеев и Мурзѣев (с ятем), что говорит о долгом бытовании фамилии в письменной среде.