Фамилия Мусаханлы — яркий пример тюркской модели образования, где к личному имени приращивается суффикс, указывающий на принадлежность к роду или месту. В данном случае основа — составное мусульманское имя Муса-хан, где Муса — арабская форма библейского Моисея, а хан — тюркский титул правителя или военачальника. Суффикс -лы (в азербайджанском и турецком вариантах -lı, -li) означает «имеющий отношение к», «происходящий от». Таким образом, Мусаханлы — это «потомок Муса-хана» или «из рода Муса-хана».

Фамилия характерна для азербайджанской ономастики, где модель на -лы/-ли особенно продуктивна. Встречается она и у других тюркских народов Кавказа, но именно в Азербайджане такие фамилии массово закрепились в XIX–XX веках. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали отчество, азербайджанские фамилии на -лы часто указывали на принадлежность к конкретному роду, племени или даже селу. В данном случае родоначальник, по-видимому, носил имя Муса-хан — не обязательно реальный хан, а человек, получивший такое имя в честь уважаемого предка или как почетное прозвище.

Стоит отметить, что в дореволюционных записях фамилия могла писаться иначе — Муса-хан-лы, через дефис, что подчеркивало составной характер. После унификации написания в советское время дефис исчез, но смысл остался прежним. Встречаются и однокоренные варианты: Мусаев, Мусаханов — они образованы по другой (русской) модели и не несут того же родового оттенка.

Географически носители фамилии Мусаханлы сосредоточены в Азербайджане, особенно в регионах, где были сильны ханские династии — исторических ханствах (Карабахское, Шекинское, Кубинское). В России фамилия редка и встречается в основном среди азербайджанской диаспоры. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к конкретному сословию нет — в тюркской среде такие фамилии могли носить и крестьяне, и ремесленники, и потомки местной знати, так как суффикс -лы указывает на происхождение, а не на социальный статус.