Фамилия Мусанников интересна прежде всего необычной основой и редким для русского ономастикона суффиксом. В ней сразу слышится что-то нерусское, южное или восточное, и это впечатление не обманывает.

Разбираем слово по косточкам. Корень — «Мусанн» (или «Мусан»), суффикс «-ик» и окончание «-ов». Типичная русская патронимическая модель: сначала прозвище или некалендарное имя Мусанник, а от него — фамилия «сын Мусанника». Суффикс «-ик» в прозвищах часто указывал на лицо по характерному признаку или занятию (сравните: Сапожник, Рыбник, Горемыка — хотя там другой суффикс, но принцип тот же). В случае с Мусанником этот суффикс мог превращать арабское или тюркское имя в бытовое прозвище.

Самая вероятная версия происхождения основы — от арабского имени Мусанна (или Мусаннаф), что значит «удвоенный», «сдвоенный» или «прославленный». В мусульманской среде это имя встречается, хотя и не так часто, как Мухаммед или Ахмед. Попадая в русскую языковую среду, имя Мусанна могло обрасти уменьшительной или прозвищной формой Мусанник (по аналогии с тем, как Иван становится Иванником, а Пётр — Петрушником). Фамилия Мусанников, таким образом, могла возникнуть в семьях крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов, перешедших в православие. Это типичная история для юго-восточных регионов России — Поволжья, Приуралья, Оренбуржья.

Менее правдоподобная, но возможная версия — связь с диалектным словом «мусан» или «мусак». В некоторых говорах так называли неряху, грязнулю (от «мусать» — пачкать, марать). Однако суффикс «-ик» в этом случае дал бы скорее «Мусанник» как «грязнуля», но тогда фамилия звучала бы уничижительно, что для фамилий из крестьянской среды тоже не редкость. Но арабская версия убедительнее: слишком специфична основа, чтобы быть чисто русским диалектным словом.

Географически фамилия Мусанников редкая. Встречается она преимущественно в Оренбургской, Самарской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это те самые места, где веками жили татары, башкиры, чуваши, и где активно шёл процесс христианизации и обрусения местного населения. Носители фамилии — потомки тех, кто когда-то носил имя Мусанна или прозвище Мусанник, и кто, скорее всего, был крестьянином или казаком. Сословной элиты среди Мусанников не зафиксировано: фамилия не дворянская и не купеческая, а народная, что и делает её особенно ценной как свидетельство сложных этнических процессов на окраинах России.