Фамилия Мушагалиев почти наверняка имеет тюркское происхождение и образована по распространённой модели «имя + патронимический суффикс». Основа здесь — мужское имя Мушагали, которое в свою очередь является вариантом или диалектной формой имени Мухаммадгали (Мухаммед + Али). В тюркских языках, особенно казахском, татарском и башкирском, сращение двух имён пророка и четвёртого халифа — обычный способ образовать сложное имя: «Мухаммад» и «Али» сливаются в одно, а в бытовой речи «Мухаммад» может редуцироваться до «Муш», «Муса» или «Муха». Таким образом, Мушагали — это «Мухаммад-Али», то есть человек, названный в честь двух ключевых фигур ислама.

Русский суффикс -ев (вместо тюркского -улы/-кызы) указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской среде, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда у кочевых и полукочевых народов начали массово записывать фамилии по отчеству. Фамилия Мушагалиев буквально означает «сын Мушагали». Ударение, судя по типичной модели, падает на третий слог: Мушага́лиев.

Географически фамилия тяготеет к Западному Казахстану и приграничным областям России (Астраханская, Оренбургская области), а также встречается у башкир. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном распространении: носители, скорее всего, происходят из одного рода или аула. Редкость фамилии — дополнительный аргумент в пользу того, что имя-основа не было повсеместным, а бытовало в конкретной диалектной среде, где «Мухаммад» дал форму «Муш».

Есть версия, что Мушагали может быть искажением другого имени — Муштари (от араб. «счастливый»), но она менее убедительна: суффикс -гали слишком явно отсылает к имени Али, чтобы считать его случайным совпадением. Так что основная и самая надёжная версия — сложное имя из двух исламских имён, адаптированное местным произношением.