Фамилия Мусханов — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от восточного имени, а точнее — от исламского имени Муса, арабского варианта библейского Моисея. Основа здесь — имя Муса, которое в ряде тюркских и кавказских языков, особенно в чеченском и ингушском, приобрело форму Мусха (с добавлением гортанного «х»). Суффикс «-ов» — классический русский патронимический показатель, который в XIX–XX веках массово присоединяли к иноязычным основам при оформлении фамилий для народов Северного Кавказа и Поволжья. Таким образом, Мусханов — это «сын Мусхи», то есть потомок человека по имени Муса.

Географически фамилия Мусханов почти наверняка указывает на чеченское или ингушское происхождение. В этих языках имя Муса часто произносится как Муса, но в разговорной речи и при образовании фамилий могла появиться форма Мусха (с усилением звука). Встречается фамилия и у народов Дагестана, но с меньшей частотой. Интересно, что в русских переписях XIX века у чеченцев и ингушей фамилии часто фиксировались «на слух» русскими чиновниками, поэтому возможны варианты написания: Мусханов, Мусанов, Мусоев. Форма именно с «х» — более редкая и характерная для вайнахской языковой среды.

С точки зрения словообразования, фамилия Мусханов отличается от более распространённой Мусхаджиев (где «хаджи» указывает на паломника в Мекку). Здесь же — чистое отчество от личного имени без дополнительных религиозных титулов. Социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными общинниками или воинами, так как фамилии на «-ов» у горцев Кавказа закрепились в основном после вхождения региона в состав Российской империи, и их давали не по сословию, а по имени отца. Спорных версий у фамилии немного: единственная альтернатива — связь с арабским словом «мусх» (список, книга), но это лингвистически менее вероятно, так как прозвища от абстрактных понятий в этой среде нехарактерны.