Фамилия Мусунова — женская форма фамилии Мусунов, и её происхождение уводит нас на восток, за Урал. В отличие от множества русских фамилий, образованных от крестильных имён или ремёсел, эта фамилия имеет тюркские корни. Её основа, скорее всего, восходит к мужскому имени Мусун. В тюркских языках это имя могло быть вариантом имени Муса (библейский Моисей) с характерным местным суффиксом или же самостоятельным прозвищем, означающим «крепкий», «сильный», «коренастый». Встречается и версия о связи с тюркским словом, обозначающим «лёд» или «холод», что могло быть прозвищем человека с суровым, сдержанным нравом.

Суффикс -ов в фамилии Мусунов — классический русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Мусуна». Такая модель образования фамилий у тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, особенно распространена у башкир, татар, казахов. География фамилии это подтверждает: чаще всего Мусуновы встречаются в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане, а также в Казахстане. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в зоне активного русско-тюркского культурного и языкового взаимодействия, на Урале и в Зауралье.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с топонимом. Существуют небольшие реки с названием Мусун (например, в Якутии), но для фамилии это редкий случай. В целом, основная версия остаётся антропонимической: Мусуновы — потомки человека по имени или прозвищу Мусун, который был, скорее всего, скотоводом, охотником или воином в степных или горных районах Южного Урала.