Фамилия Мусяченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась в среде казачества и крестьянства Левобережной и Слободской Украины. Суффикс -енко в этой традиции означал «сын» или «потомок», так что Мусяченко — буквально «сын Мусяки». А вот с основой сложнее: «Мусяка» — это не церковное имя и не распространённое прозвище, а уменьшительная или пренебрежительная форма от имени Мусий.

Мусий — это народный вариант крестильного имени Моисей (древнееврейское «спасённый из воды»). В украинском языке имя Моисей дало формы Мусій, Мусь, а от них — уменьшительные вроде Муся, Муська. Суффикс -як в основе «Мусяк» типичен для украинских прозвищ (ср. Грицак от Гриць, Петряк от Петро). Таким образом, Мусяка — это «маленький Мусий» или «Мусий-сын». Фамилия Мусяченко, скорее всего, закрепилась за потомком человека, которого в округе звали Мусякою.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, а также встречается в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне. Сословно предки-носители фамилии были, как правило, казаками или крестьянами-собственниками: фамилии на -енко в этой среде фиксировались с середины XVII века. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это однозначно народная модель.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах могли писать «Мусѣченко» (с «ѣ»), а в современной русской записи — «Мусяченко» или реже «Мусюченко» (под влиянием белорусского «Мусюк»). Но именно форма с «я» — самая частотная и исторически оправданная. Фамилия не редкая, но и не массовая: по данным переписей, на Украине её носят несколько тысяч человек, в России — в разы меньше, преимущественно в Краснодарском крае и Ростовской области.