Фамилия Муйжене звучит для русского уха необычно, и это подсказка: перед нами не исконно русская фамилия, а фамилия литовского происхождения. Её выдает окончание -ене, которое в литовском языке указывает на замужнюю женщину. Если бы речь шла о мужчине-носителе, фамилия звучала бы как Муйжис (Muižis) или Муйжюс (Muižius). Таким образом, Муйжене — это форма, закрепленная за женщиной, но в русском контексте она могла быть записана в документах как неизменяемая фамилия для всей семьи, что нередко случалось при русификации литовских фамилий.

Основа фамилии — литовское слово muiža, которое означает «мыза», «поместье» или «усадьба». В дореволюционной Прибалтике мызой называли отдельно стоящую барскую усадьбу с хозяйственными постройками, центр помещичьего имения. Следовательно, прозвище Муйжис мог получить человек, живший при мызе, работавший в поместье или, возможно, владевший небольшим хутором. В литовской ономастике такие фамилии, образованные от названий местности или типа поселения, встречаются часто и указывают на крестьянское или мелкопоместное происхождение предка.

Суффикс -ене в литовской модели фамилий — это аналог русских окончаний -ова/-ева или -ина, но с четким указанием на пол. В XIX веке, когда в Российской империи проводилась массовая фиксация фамилий, литовские фамилии нередко записывали в той форме, которую давал сам носитель или писарь. Поэтому фамилия Муйжене могла закрепиться за семьей, где главой была женщина (вдова), или же ее просто записали со слов женщины, подававшей документы.

Географически фамилия тяготеет к историческим регионам Литвы, особенно к Жемайтии и Аукштайтии, где было много небольших мыз. В современной России фамилия встречается крайне редко, в основном в Калининградской области и среди потомков литовцев, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток в ходе столыпинской аграрной реформы. Похожие по корню фамилии — Муйжниекс (латышский вариант) и Муйже (польская или белорусская форма) — встречаются в Латвии и на северо-западе Беларуси.

Искать дворянское происхождение у фамилии Муйжене не стоит: мыза — это не обязательно аристократическое владение, чаще — арендованный или служебный участок. Скорее всего, предок носителя фамилии был мызником — управляющим, работником или арендатором помещичьей земли. Это трудовая, хозяйственная фамилия, без гербов и титулов, но с отчетливой привязкой к месту.