Фамилия Музченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XIX веках была характерна для Поднепровья, Слобожанщины и юга России. Суффикс -енко в украинской ономастике означал «сын» или «потомок», то есть Музченко — буквально «сын Музки» или «человек из рода Музки». Сама основа — Муз(к)о — это уменьшительная форма от имени или прозвища Муза.

Здесь важно не путать с античной музой. В украинской народной традиции слово «муза» могло быть прозвищем задумчивого, мечтательного человека или, напротив, капризного, «с причудами». Встречалось и имя Муза — редкое, но фиксировавшееся в святцах как женское, хотя фамилия могла образоваться и от мужского прозвища Музко (с суффиксом -ко, типичным для уменьшительных имён вроде Иванко, Петро).

По другой версии, корень может быть связан с диалектным «музга» — так в некоторых говорах называли болотистое место или мочажину. Тогда Музченко — человек, живший у такого места. Но эта версия менее вероятна: фамилии от топонимов с суффиксом -енко редки, чаще они образовывались от личных имён или прозвищ.

Фамилия не относится к дворянским — носители её, скорее всего, были казаками, мещанами или крестьянами. В реестрах Запорожского войска и переписях Гетманщины встречаются похожие формы — Музченко, Музченков. Географически фамилия рассредоточена: наибольшая плотность — в Черкасской, Полтавской и Кировоградской областях Украины, а также в Краснодарском крае России, куда переселялись запорожские казаки после ликвидации Сечи.

Интересная деталь: в XIX веке фамилию могли записывать с двумя «з» — Муззченко, что отражало произношение с удвоенным согласным, но со временем написание устоялось в современном виде. Встречаются и варианты Музченков (русифицированная форма) и Музченко (украинская).