Фамилия Муждакова — женская форма фамилии Муждаков, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое в основе лежало в мужском роде. Скорее всего, корень «мужд» восходит к диалектному или устаревшему слову, которое могло означать «мужчина», «муж» или «супруг». В русских говорах слово «муж» звучало как «муж», «мужик», но форма «мужд» — редкая и, вероятно, результат фонетического изменения: переход «ж» в «жд» под влиянием церковнославянского или южнославянского произношения (сравните: «вождь» от «водить», «одежда» от «одевать»). Такой переход характерен для книжного, а не народного языка, поэтому прозвище Муждак могло быть дано человеку солидному, женатому или, наоборот, тому, кого иронично называли «мужем» за важность или степенность.

Суффикс -ак в основе Муждак — типичный для русских прозвищ и фамилий, он придаёт оттенок просторечия или уменьшительности: Муждак буквально «маленький муж» или «мужичок». По модели образования фамилия Муждаков (а затем Муждакова) — это патроним, то есть «сын Муждака» или «потомок Муждака». Такие фамилии на -ов/-ев широко распространены в центральной России, но сама фамилия Муждаков встречается нечасто и имеет локальный характер. По данным современных справочников, носители фамилии Муждаковы фиксируются в основном в Поволжье, особенно в Татарстане и соседних областях, что может указывать на тюркское или финно-угорское влияние: в татарском языке есть слово «мождак» (маленький, низкорослый), которое могло быть переосмыслено в русском произношении как Муждак.

Версия о тюркском корне не противоречит словообразованию: суффикс -ак встречается и в русских, и в заимствованных фамилиях, а переход «о» в «у» (мождак → муждак) возможен при адаптации. Однако более правдоподобным выглядит славянское происхождение от «муж» с книжным «жд», так как фамилия имеет чёткую русскую модель и не требует дополнительных допущений. В любом случае, предок носителей фамилии Муждакова получил прозвище, которое подчёркивало его семейное положение или характер, а сама фамилия сохранила редкий фонетический облик, отличающий её от более частых Мужниковых или Мужиковых.