Фамилия Музючкин — яркий пример так называемой «полуотчества» на -ин, образованной от прозвища или имени, которое в свою очередь восходит к слову «музюка». Именно с этого корня и стоит начинать разговор. В русских говорах, особенно южных и юго-западных, «музюкать» или «музыкать» означало играть на музыкальном инструменте, а «музюка» — либо самого музыканта (часто плохого, неумелого, гудошника), либо просто веселого, поющего человека. Таким образом, Музючка — это прозвище народного музыканта, балагура или того, кто постоянно напевал себе под нос.

Вторая версия, менее распространенная, но имеющая право на существование, связывает корень с диалектным «музюриться» — хмуриться, быть недовольным. В этом случае Музючка мог получить ворчливый или угрюмый человек. Однако первая версия — музыкальная — представляется более убедительной, поскольку в русской ономастике прозвища по роду занятий или характерному действию (играть, петь) встречаются гораздо чаще, чем прозвища по мимолетному настроению.

Модель образования проста и прозрачна: к основе прозвища Музючк- (где -к- уменьшительно-ласкательный суффикс) добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Музючкин. Такая схема типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. Фамилия недвусмысленно говорит о социальном происхождении: ее носители — потомки не знатного рода, а простого человека, которого в деревне знали по его главной черте или ремеслу.

Примечательно, что фамилия Музючкин — довольно редкая. Она не встречается в списках массовых дворянских фамилий и не попала в общероссийские родословные книги. Географически она тяготеет к территориям бывшей Курской, Орловской и Воронежской губерний — как раз к тем областям, где диалектное слово «музюка» было в ходу. Встречаются и фонетические варианты написания, например, Мозючкин, но это уже следствие местного «акающего» произношения.