Фамилия Мякинников образована от прозвища Мякинник. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «сарай, в котором хранится мякина (отходы, получаемые при обмолоте и очистке зерна хлебных злаков и льна)». Кроме того, мякинником называют растение семейства злаковых, которое дает тонкую солому, пригодную для кормления скота, а также плетения шляп. Скорее всего, прозвище Мякинник относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься выращиваем хлебных злаков, быть мельником, скотоводом или мастером по изготовлению различных изделий из соломы. Так и прозвище Мякинник закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мякинников. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мякинник, со временем получил фамилию Мякинников.