Фамилия Мякинников напрямую связана с прозвищем Мякинник, которое в старину имело сразу несколько значений. Проще всего объяснить его через слово «мякина» — это отходы, которые остаются после обмолота и очистки зерна хлебных злаков и льна. Мякинником называли и сарай, где эту самую мякину хранили. Но на этом история не заканчивается: в некоторых говорах мякинником именовали растение семейства злаковых с тонкой соломой, которую использовали и как корм для скота, и как материал для плетения шляп.

Скорее всего, прозвище Мякинник относится к «профессиональным» именованиям, которые указывали на род занятий человека. Основатель фамилии мог быть земледельцем, выращивающим хлеб, мельником, скотоводом или мастером, делавшим изделия из соломы. Прозвище закреплялось за человеком как самое употребительное именование, а затем, по обычной для русского языка модели, легло в основу фамилии: потомок человека по прозвищу Мякинник становился Мякинниковым.

Интересно, что эта фамилия сохранила редкий суффикс -ник-, который встречается в прозвищах, образованных от названий помещений и ремесел. Та же модель видна в фамилиях Конюхов, Сарайников или Овинников, где основа указывает на хозяйственную постройку или занятие. Фамилия Мякинников звучит несколько громоздко, но именно эта особенность выдает её крестьянское, бытовое происхождение: в ней нет следов дворянского или книжного словообразования, зато хорошо видна связь с повседневным трудом на земле.