Фамилия Мыктыбекова образована по распространённой в тюркских языках модели — от мужского имени Мыктыбек. В основе лежит два компонента: «мыкты» и «бек». «Мыкты» — это диалектный или усечённый вариант имени Муктар (араб. «избранный»), а «бек» — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «владыка». Таким образом, имя Мыктыбек можно перевести как «избранный господин» или «почтенный правитель». Фамилия, соответственно, означает «потомок Мыктыбека» или «принадлежащая роду Мыктыбековых».

Суффикс -ова указывает на женский род носительницы. Мужской вариант фамилии — Мыктыбеков. Такое окончание типично для русифицированных тюркских фамилий, которые закрепились в документах Российской империи и Советского Союза. Фамилия не имеет прямого отношения к русскому языку — она целиком происходит из тюркской ономастики, скорее всего, из киргизской или казахской среды, где имена с компонентом «бек» особенно распространены.

Географически фамилия Мыктыбекова встречается в основном в Кыргызстане и Казахстане, реже — среди тюркоязычных народов России. Встречаются варианты написания: Мыктыбеков, Муктыбеков, но основной — через «ы», что характерно для киргизского произношения. В историческом контексте носители такой фамилии могли принадлежать к потомкам местной знати или уважаемых родов, так как имя «бек» изначально давали детям в семьях с высоким социальным статусом, но со временем оно стало общеупотребительным.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мыктыбаев, Мыктыбеков — показывает, что Мыктыбекова стоит особняком: она прямо фиксирует полное имя в качестве родового прозвания, без дополнительных суффиксов вроде -бай. Это делает её более «прозрачной» для этимологии: человек с такой фамилией — прямой потомок человека по имени Мыктыбек.