Фамилия Мылзенова — женская форма, а её мужской вариант — Мылзенов. Это довольно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно разобрать словообразовательную цепочку.

Основа фамилии — «Мылзен». Скорее всего, перед нами вариант фамилии Мыльзенов, где произошла замена или утрата мягкого знака. В таком случае корень — «мыльз» или «мылз». В русских говорах и ономастике встречаются прозвища и фамилии, образованные от слова «мыло» или глагола «мылить». Однако прямое прозвище «Мыло» давалось обычно чистоплотному или, наоборот, слишком скользкому, увёртливому человеку. Суффикс «-зень» в прозвище — редкий и, вероятно, диалектный. Он мог указывать на какой-то признак носителя: например, «мылзень» — человек, который любит мыться, или, напротив, тот, кто «мылит» (обманывает, льстит). Вторая, более правдоподобная версия — фамилия образована от названия населённого пункта. В России есть деревни с похожими названиями (например, Мыльники, Мыльнище), а фамилии на «-енов» нередко указывали на выходца из такого места. «Мылзенов» могло означать «сын того, кто из Мыльзеня» — так могло называться исчезнувшее село или хутор.

Суффикс «-ов» в мужском варианте — типичный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («чей?»). Таким образом, Мылзенов — это «сын Мылзена». Само имя или прозвище Мылзен могло быть как чисто прозвищным, так и производным от канонического имени (например, от Емельян, в просторечии — Емельзен, с дальнейшим упрощением). Эта версия слабее, но имеет право на существование, учитывая, что фамилии часто «съедали» звуки при произношении.

Географически фамилия Мылзенова встречается в основном в Сибири и на Урале, что подтверждает версию о диалектном или местном происхождении. В этих регионах активно шло заселение и формирование новых фамилий на основе местных говоров и названий урочищ. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками — в дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена. Социальный контекст фамилии — это история простого человека, чьё прозвище или место жительства закрепилось в роду.