Фамилия Мышъэ — редкий случай, когда написание напрямую указывает на адыгское (черкесское) происхождение. Это не русская фамилия в привычном словообразовательном ряду на -ов/-ин, а транслитерация адыгского слова. В основе лежит «мышъэ» — «медведь» на кабардино-черкесском языке. Так что перед нами не прозвище от мыши, а тотемное или «звериное» имя, распространённое у народов Кавказа.

По модели образования фамилия относится к типу «неоформленных» — то есть без добавления русского суффикса принадлежности. В адыгской традиции фамилии часто заканчиваются на гласный или мягкий знак, и при записи в русских документах их оставляли без изменений. Поэтому Мышъэ — это не переделка, а прямая фиксация исходного звучания.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась за родом, основатель которого носил прозвище Мышъэ — за силу, медвежью стать или, возможно, за связь с охотой. У адыгов медведь считался хозяином леса, и имя-оберег могло даваться с пожеланием силы или защиты. Спорных версий тут немного: связь с русским словом «мышь» маловероятна из-за оглушения и твёрдого знака на конце, которого нет в русских фамилиях.

Географически фамилия привязана к Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии и Адыгее. Встречается и у потомков черкесских мухаджиров, переселившихся в Турцию, Сирию и Иорданию, где написание могло измениться на Mışe или Myshe.

С точки зрения социального контекста, Мышъэ — не дворянская фамилия (у адыгов княжеские роды обычно оканчивались на -уко, -хуа), а родовая, восходящая к вольным общинникам или воинам. В советское время её могли записывать как Мышев или Мышаев, но исходная форма сохранилась у тех, кто держался национальной традиции.