Фамилия Мышинкин — редкий пример, где суффикс указывает на сложную модель образования, а не на простое отчество. В русских фамилиях на -ин обычно стоят имена или прозвища на -а/-я (Мышкин от Мышки, Пушкин от Пушки). Здесь же основа «Мышинк-» явно содержит уменьшительный суффикс -инк-, что выдаёт происхождение от прозвища Мышинка. То есть фамилия образована не напрямую от «мышь», а от ласкательной формы — «маленькая мышь», «мышонок». Такие модели типичны для северных и восточных регионов России, где цокающие говоры (произношение «ч» как «ц») нередко смешивали звуки, но в данном случае путаница маловероятна: корень «мыш-» прозрачен.

Прозвище Мышинка могли дать по внешнему сходству — человеку маленького роста, юркому, с серыми глазами или тихим голосом. В русских говорах «мышинка» иногда называли не только зверька, но и мелкую деталь, крошку, что усиливало ироничный оттенок. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Мышинкин, то есть сын или потомок Мышинки. Сравните с однокоренными Мышкин, Мышаков, Мышатин — все они восходят к тому же животному, но Мышинкин стоит особняком из-за двойного уменьшительного суффикса, что делает её более «ласкательной» и редкой.

В официальных документах фамилия почти не встречается за пределами центральных и поволжских областей. По данным переписей XIX века, единичные носители жили в Нижегородской и Костромской губерниях — регионах, где активно бытовали прозвища с суффиксом -инк(а). Социально это могли быть крестьяне или мещане: фамилия не дворянская, без -ский, и не церковная. Словообразовательная модель не оставляет места для альтернативных версий (например, от тюркского «мыш» — «медь» или от финского корня), так что этимология надёжна и прозрачна.