Фамилия Мышитычев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не географическое название, а прозвище, образованное от названия животного, причём с необычным суффиксальным оформлением. Корень здесь очевиден — «мышь», мелкий грызун. В русских фамилиях на -ычев и -ичев часто скрываются прозвища, указывающие на внешность, поведение или занятие человека: «мышь» могло означать не только маленького, юркого, незаметного человека, но и, в некоторых говорах, того, кто промышлял мышеловством или держал мышей для охоты (например, для ловли хорьков). Однако ключевая особенность — суффикс -ыч- в основе. В русской ономастике фамилии на -ычев (Мышитычев, а не Мышичев) встречаются редко. Скорее всего, перед нами патронимическая форма от отчества Мышитыч, то есть «сын Мышиты». А имя Мышита — это нестандартное производное от прозвища Мышь с уменьшительным суффиксальным элементом -ит- или -ыт-, характерным для северных и сибирских говоров, где так образовывали ласкательные или пренебрежительные имена (ср. Козыта, Волчыта). Таким образом, фамилия Мышитычев буквально означает «потомок того, кого звали Мышита» (то есть «маленькая мышь» или «мышонок»).

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Поволжью, где встречаются аналогичные модели (например, Копытов, Лосев, но с суффиксом -ыч-). В центральных областях России чаще встречается вариант Мышев или Мышкин, а Мышитычев — более архаичная и редкая форма. В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) прямого упоминания нет, но по аналогии с фамилиями вроде Борздычев или Худычев можно реконструировать: основа — прозвище, суффикс -ыч- указывает на принадлежность к определённой диалектной группе, а -ев — на патроним. Сословная принадлежность предков не зафиксирована, но судя по модели, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не в дворянской среде (там преобладали фамилии на -ов/-ев от полных имён).

Интересно, что в написании возможна путаница: иногда фамилию записывают как Мышитычев или Мышитычев, но ударение, скорее всего, падает на второй слог — Мыши́тычев, что подтверждает происхождение от имени Мышита с ударным -ит-. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Мышев, Мышкин, Мышаков, но Мышитычев стоит особняком из-за редкого суффикса, который делает её почти уникальной в русском ономастиконе.