Фамилия Мышковецкий — редкий пример, где польская модель образования накладывается на русскую почву, но сам корень остаётся тёмным. Формально это типичная фамилия на -ский, которая в польской традиции указывала на принадлежность к месту или шляхетскому роду. Однако в русском языке суффикс -ецк- встречается реже, чем -овск- или -инск-, и часто выдаёт западное, чаще польское или белорусское, происхождение. Поэтому первое, что бросается в глаза: Мышковецкий — это не крестьянская фамилия, образованная от прозвища через притяжательный суффикс, а скорее топонимическая или родовая.

Самая прямая и правдоподобная версия — фамилия происходит от названия населённого пункта. В Польше есть несколько мест с корнем «Мышки» или «Мышкув» (Myszki, Myszków). Житель такого села или выходец оттуда получал прозвище Мышковецкий — «тот, кто из Мышкова». Если добавить, что в Речи Посполитой такие фамилии часто закреплялись за мелкой шляхтой, владевшей землёй в этой местности, то предки носителя фамилии могли быть не просто крестьянами, а однодворцами или застенковой шляхтой, переселившейся в Россию после разделов Польши.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Мышка (от слова «мышь»). В этом случае суффикс -ецкий выглядит искусственно: обычно от прозвища на -а образуются фамилии вроде Мышкин. Чтобы получить Мышковецкий, нужно было бы сначала создать прозвище Мышковец («ловец мышей» или «живущий как мышь»), а уже от него — фамилию. Такая цепочка возможна, но редка и не подкрепляется типичной русской словообразовательной логикой. Ономасиологи вроде Б. Унбегана указывали, что суффикс -ский в массе своей — признак дворянских или географических фамилий, а не прозвищных.

Интересная деталь: фамилия могла сохранить ударение на втором слоге — Мышкóвецкий, что типично для польских фамилий с суффиксом -ów. В русском языке его часто смещают на третий слог, но старое произношение выдаёт связь с польским оригиналом. Таким образом, Мышковецкий — это фамилия-маркер: она почти наверняка указывает на западное происхождение предка, возможно, из Подляшья или Мазовии, и на его принадлежность к мелкопоместной шляхте или к жителям конкретного села. Других версий, заслуживающих серьёзного рассмотрения, у фамилии нет.