Фамилия Мышковский звучит как типичная для польско-украинского пограничья, и её форма сразу указывает на модель образования: суффикс -ский/-цкий в этих краях закреплялся за шляхтой или теми, кто получал фамилию по названию места жительства. Однако в данном случае, в отличие от большинства таких фамилий, в основе лежит не географическое название, а личное мирское имя Мышка. Это нецерковное имя, которое давали ребёнку до крещения в традиции, когда родители использовали названия животных и растений, чтобы природа воспринимала младенца как своего. Считалось, что через имя к нему перейдут полезные качества избранного зверя — в случае с мышью, вероятно, юркость, незаметность и умение найти пропитание в самых суровых условиях.

Связь с мышью в народной культуре была двойственной. С одной стороны, мышь — существо вредное, с другой — её поведение внимательно наблюдали и связывали с урожаем: если мышь попадалась в руки женщине или ту убивали, верили, что хлеб не удастся. Поэтому имя Мышка не было оскорбительным или пренебрежительным, а скорее обережным, «природным». В новгородских писцовых книгах С. Веселовский фиксирует реального носителя этого имени: Мышка Иван, крестьянин, 1545 год. Это подтверждает, что имя бытовало в северорусских землях задолго до того, как от него образовалась фамилия.

Фамилия Мышковский, таким образом, означает «потомок Мышки» или «принадлежащий Мышке». Суффикс -ский здесь работает не как указатель на владение деревней, а как притяжательный, что характерно для более позднего этапа формирования фамилий у восточнославянских народов, особенно под влиянием польской ономастической традиции. В украинских землях, где фамилии на -ский часто получали крестьяне при переписях, такая форма могла закрепиться за потомками человека по имени Мышка, которые не имели отношения к дворянству.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс шёл постепенно, и разные ветви рода могли независимо друг от друга прийти к одной и той же форме. Но сам факт, что фамилия сохранила в себе древнее мирское имя, делает её ценным памятником славянской культуры, где личное прозвище, данное по животному, пережило века и превратилось в родовое обозначение.