Фамилия Мысыргалин — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение и, скорее всего, мусульманскую среду. Её основа восходит к личному имени Мысыргали, которое, в свою очередь, сложено из двух частей. Первая часть — «Мысыр» (араб. Миср) — историческое название Египта. В тюркских языках это слово могло означать «египтянин» или «каирский», но чаще всего входило в состав составных имён как указание на святость или древность: Египет в исламской традиции — земля пророков и праведников. Вторая часть — «гали» (от араб. ‘али — «высокий», «великий», «возвышенный») — один из эпитетов Аллаха и распространённый компонент мусульманских имён (например, Гали, Али). Таким образом, имя Мысыргали можно перевести как «Египетский великий» или «Великий, как Египет» — в смысле «высокий, словно древняя земля».

Суффикс «-ин» в данном случае — не русский патронимический суффикс (как в фамилиях Иванов, Петров), а адаптированный к русской грамматике показатель принадлежности. В тюркских языках фамилии образуются с помощью аффиксов -ов, -ев, -ин, которые калькируют русскую модель. Мысыргалин означает «сын Мысыргали» или «из рода Мысыргали». Типичная башкирская или татарская фамилия, встречающаяся в южноуральском регионе, особенно среди башкир. Если судить по распространённости, носители фамилии — потомки человека, которого в деревне знали именно как Мысыргали, вероятно, уважаемого старейшины или религиозного деятеля.

Любопытная деталь: имя Мысыргали — нечастое даже среди тюркских народов. Оно менее популярно, чем, скажем, Галиакбар или Галимжан. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в относительно замкнутой общине, где ценили редкие, «книжные» имена с отсылкой к исламской географии. Встречаются варианты написания Мысыргалиев (с более русифицированным суффиксом), но форма Мысыргалин — первичная, она точнее передаёт тюркскую основу. В документах XIX века, при переписях, такую фамилию могли записать на слух, поэтому не исключены искажения вроде Мысыркалин или Мусыргалин, но корень остаётся тем же.