Фамилия Мытенский — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение носителя. Суффикс -ский указывает на то, что её основа — название местности. Чаще всего такие фамилии получали дворяне по названию своих поместий, а также выходцы из духовенства, менявшие фамилию при поступлении в семинарию. Однако в случае с Мытенским есть нюанс: корень «мыт» мог относиться как к конкретному топониму, так и к роду деятельности предка.

Самая прямая версия — фамилия образована от названия населённого пункта вроде Мытно, Мытищи, Мытенка. Такие топонимы встречаются в разных регионах России, особенно в центральных и северных областях. Название, в свою очередь, восходит к слову «мыт» — в Древней Руси так называли пошлину за проезд или провоз товаров. Соответственно, Мытенский — это «тот, кто родом из Мытного» или «владелец села Мытно». В этом ряду стоят и фамилии Мытов, Мытищев, Мытин.

Есть и более редкая, но любопытная версия: фамилия могла быть семинарской, искусственной. В духовных училищах ученикам иногда давали фамилии по названиям церковных праздников или понятий, связанных с храмом. «Мытенский» могло произойти от «мытница» — места сбора пошлин, или от прозвища «Мытарь» (сборщик податей). В Библии мытари — презираемая категория, но в фамилию это слово попадало редко, обычно с ироничным оттенком.

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке был смешанным. В метрических книгах Мытенские встречаются и среди мещан, и среди купцов, и среди священнослужителей. Например, в Тверской губернии фиксировались священники Мытенские — что подтверждает версию о семинарском происхождении. При этом крестьяне с такой фамилией — редкость, что косвенно говорит о её «городском» или «служилом» характере.

Однокоренные фамилии (Мытов, Мытовский, Мытищев) различаются суффиксами: -ов указывает на прямую связь с прозвищем отца, -ский — на владение или происхождение с земли. Мытенский стоит особняком: он звучит «книжно», будто фамилию давали не по двору, а по бумаге. Это типично для фамилий, возникших в среде грамотных людей — приказных, духовных, военных.

Спорных моментов два. Первый: не путать с фамилией Мытинский, которая могла образоваться от речки Мытины. Второй: в некоторых говорах «мыт» означал не только пошлину, но и «баню» (от «мыть»), но эта версия для Мытенского маловероятна — слишком далеко по смыслу, и нет подтверждений в ономастических словарях.