Фамилия Мюгинен — почти стопроцентный маркер финского или карельского происхождения. В русском контексте она встречается крайне редко, и её написание с «ю» после «М» сразу выдает неславянскую основу. Это не переделанная на русский лад фамилия, а, скорее всего, транслитерация исходной финской формы.

Скорее всего, в основе лежит финское слово «myy» (продажа, торг) или глагол «myydä» (продавать). Типичный финский суффикс «-nen» (читается как «-нен») означает принадлежность или происхождение — примерно как русское «-ов» или «-ский». Таким образом, Мюгинен (или правильнее Мююнен) могло означать «сын продавца», «торговец» или «человек, имеющий отношение к торговле». В финских фамилиях суффикс «-nen» — один из самых распространенных (сравните с Виртанен, Мякинен), и он часто образовывал прозвища по занятию или месту жительства.

В русском языке фамилия могла подвергнуться вторичной адаптации: исходное финское «Myyrynen» или «Myyryläinen» при записи в метрики упростили до Мюгинен, отбросив менее звучный для русского уха слог. Есть вероятность, что это искаженная форма от карельской фамилии Мюгюнен, где корень связан с диалектным словом «mygy» (бугор, холм). Тогда фамилия указывала бы на предка, жившего на возвышенности.

Исторически носители фамилии Мюгинен — это, вероятно, крестьяне или ремесленники из районов расселения ингерманландских финнов (территория современной Ленинградской области) или карельского перешейка. После переселений и репрессий 1930-х годов часть семей оказалась в Сибири и Карелии. Поскольку фамилия не получила широкого распространения в России, её обладатели, скорее всего, принадлежат к одной или нескольким родственным ветвям, ведущим начало от конкретного финского переселенца или колониста.