Фамилия Мюнстер, вероятно, ведет свое начало от топонима Мюнстер — такое название носит один из городов на северо-западе Германии. Возможно, основатель фамилии Мюнстер был уроженцем этого города. Само название Мюнстер восходит к латинскому слову monasterium — «монастырь». Кроме того, прозвище Мюнстер мог получить человек, живший рядом с монастырем. Надо отметить, что фамилия Мюнстер также достаточно распространена среди евреев. Среди известных однофамильцев — Себастиан Мюнстер (1489—1552), средневековый немецкий учёный.