Фамилия Мыжнеков — редкий случай, когда основа угадывается не сразу, а суффикс заставляет задуматься. В ней слышится что-то южное или украинское, но разбор показывает скорее северную или центральную русскую модель.

Корень фамилии — «мыжн-». Самое вероятное объяснение: это вариант прозвища или имени Мыжний, которое могло возникнуть от диалектного слова «мыжать» — медлить, мешкать, делать что-то с ленцой. В некоторых говорах «мыжа» означала неповоротливого, вялого человека. Соответственно, Мыжнеков — потомок того, кого прозвали Мыжнем (или Мыжным). Суффикс -ек- в основе (Мыжнеков, а не Мыжнов) указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму: Мыжнек — «медлительный малый». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ с суффиксом -ек/-ок: Кузнеков, Пушнеков.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом. В России есть несколько мелких речек и урочищ с названием Мыжня (например, в бывшей Вологодской губернии). В этом случае Мыжнеков — «выходец с Мыжни», то есть из местности у реки Мыжни. Однако фамилия слишком редкая, чтобы уверенно говорить о географическом происхождении.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду патронимических фамилий на -ов, но с «беглым» суффиксом: Мыжнек → Мыжнеков (сын Мыжнека). Встречаются также варианты Мыжников и Мыжняков — они могут быть однокоренными, но с разными суффиксами. Мыжнеков — самая архаичная форма, сохранившая древнюю основу без переосмысления в «мыжник» (человек, связанный с мыжой).

Социально фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современных базах данных Мыжнековы встречаются единично — в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает её русское, а не украинское происхождение.