Фамилия Набярупахы — исключительный случай даже для русской ономастики, где редкие фамилии не редкость. Она почти наверняка не русская по происхождению, а, скорее всего, представляет собой искажённую запись фамилии из одного из языков народов Северного Кавказа или Закавказья. Строение слова — последовательность гласных и согласных, окончание на «-ы» — характерно для адыгских (черкесских), абхазских или, возможно, тюркских фамилий, которые записывались на слух русскими чиновниками.

Разберём словообразовательную модель. Если отбросить русское окончание «-ы» (которое в данном случае не является типичным русским суффиксом фамилий, а просто передаёт звучание), основа «Набярупах» не имеет аналогов в славянских корнях. Наиболее правдоподобная гипотеза: это сложносоставная фамилия, где первая часть «Набяр» может быть вариантом имени или прозвища (например, от адыгского «наб» — «глаз» или «набз» — «клюв»), а вторая часть «упах» или «упахы» — тюркский компонент, означающий «слуга» или «раб» (ср. кумыкское «упа» — «слуга»). Таким образом, фамилия могла означать «слуга такого-то» или «глазастый слуга».

География бытования фамилии Набярупахы, если верить редким данным, тяготеет к Краснодарскому краю и Адыгее. Это подтверждает версию об адыгском или шапсугском корне. В русском языке фамилия не склоняется по падежам (Набярупахы, с Набярупахы), что типично для заимствованных фамилий на «-ых» и «-ы». Известных носителей с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано — это говорит о её крайней редкости и, возможно, локальном бытовании в одном-двух аулах.

Единственная альтернативная версия — искусственное происхождение, например, как псевдоним или опечатка при переписи. Но учитывая, что в XIX веке при составлении ревизских сказок на Кавказе русские писцы часто коверкали местные фамилии, «Набярупахы» может быть просто неверной транскрипцией более простой и понятной на слух фамилии вроде «Набрухов» или «Набирух». Однако без документального подтверждения это лишь догадка.