Фамилия Наекова — женская форма, а её мужской вариант, Наеков, встречается значительно реже. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или неканоническое имя Наека, Наёка. В русских говорах слово «наёка» или «наека» могло означать человека навязчивого, надоедливого, того, кто «наекает» — пристаёт с просьбами или докучает. Такие прозвища, образованные от глаголов с помощью суффикса -к(а), были типичны для крестьянской среды: они давались по характерной черте поведения.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель образования — «чей сын?» или «чей человек?». То есть Наеков — потомок человека по прозвищу Наека. Форма с суффиксом -ов (а не -ин) говорит о том, что основа оканчивалась на твёрдый согласный (в прозвище Наека конечный звук [а] при образовании фамилии отпал, и осталась основа «Наек-»). Это стандартная схема, по которой в России появились тысячи фамилий от личных прозвищ.

Географически фамилия Наеков/Наекова редкая. Встречается в основном в центральных и южных регионах России, но не образует плотных гнёзд. Возможно, она имеет и тюркский след: в некоторых тюркских языках есть корень «наек» со значением «требовательный», «строгий», что тоже могло стать основой для прозвища. Однако русская модель словообразования (суффикс -к(а) для прозвища) выглядит более убедительной, чем прямое заимствование.

О сословной принадлежности носителей фамилии судить сложно из-за её редкости. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами — именно в этих средах чаще всего давали «характерные» прозвища, которые потом закреплялись как фамилии. Дворянских родов с такой фамилией в исторических записях не зафиксировано.

Таким образом, фамилия Наекова — это русская фамилия-прозвище, указывающая на предка с навязчивым или требовательным характером. Её основа — живое слово народной речи, а не книжное имя.