Фамилия Наерханова — редкий случай в русском ономастиконе, где явно читается восточное происхождение, но с русским суффиксом принадлежности. Она образована по стандартной модели: к основе «Наерхан» добавили суффикс -ов, а затем окончание -а, характерное для женского варианта. Мужская форма — Наерханов. Судя по строению, это типичная патронимическая фамилия: её давали по отцу, которого звали Наерхан.

Корень «Наер» — не русский и не славянский. Скорее всего, он восходит к тюркским или монгольским языкам. В тюркском имени «Наер» можно разглядеть основу со значением «свет», «сияние» или «лучистый», родственную арабскому «нур» (свет), которое через исламскую культуру широко распространилось у татар, башкир, казахов и народов Кавказа. Вторая часть — «хан» — титул правителя или военного вождя в тюрко-монгольском мире. Имя Наерхан, таким образом, могло означать «светлый хан» или «сияющий правитель» — имя-пожелание, подчёркивающее знатность или силу.

Фамилия Наерханова почти не встречается в центральной России, её география тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, возможно, Астраханская область или Северный Кавказ. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного родового гнезда. В отличие от массовых фамилий на -ов, которые в XVIII–XIX веках получили крестьяне после отмены крепостного права, Наерханова могла принадлежать к служилому сословию или мусульманской знати, где личное имя отца с титулом «хан» передавалось потомкам без изменений.

С точки зрения словообразования интересно, что суффикс -ов здесь не меняет звучание основы на «-ев» (как было бы, если бы основа заканчивалась на мягкий согласный). Это указывает на то, что имя Наерхан воспринималось как твёрдая основа, и фамилию оформляли по самому распространённому русскому образцу. Если сравнивать с однокоренными фамилиями вроде Нуриев или Ханов, то Наерханова стоит особняком: она склеивает два корня в один, а не использует суффиксальное образование от готового титула. Такая модель встречается у тюркских народов, но редко фиксируется в русских документах — это добавляет фамилии исторической ценности как маркеру смешения культур.