Фамилия Наесдкина — женская форма фамилии Наесдкин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Наесдка, образованное от глагола «наезжать» или существительного «наезд». В старину «наездником» называли не только того, кто ездит верхом, но и всадника-воина, а также человека, совершающего набег или внезапное нападение. В переносном смысле — хваткого, предприимчивого, умеющего «наехать», то есть быстро добиться своего. В некоторых говорах «наездка» означала ещё и наёмную повозку или способ езды, но прозвище чаще давали по характеру или роду занятий.

Модель образования типична для русского севера и центра: суффикс -к- уменьшительный или прозвищный, а затем -ин- указывает на принадлежность: «чей сын?» — Наесдкин. Такие фамилии на -ин обычно возникали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нае́сдкина.

С фамилией Наесдкин можно сравнить более частые Наездников, Наездниковский. Наесдкин — вариант, где основа сократилась за счёт отпадения суффикса -ник-, что характерно для разговорной речи: «наездник» мог превратиться в «наездка», а от него — в фамилию. Встречается она редко, в основном в центральных и северных областях России. Поскольку фамилия недворянская, предки носителя, скорее всего, были из крестьян или посадских людей, а прозвище могло закрепиться за лихим наездником, ямщиком или человеком с напористым нравом.