Фамилия Нагинионис почти наверняка литовского происхождения, и её разбор сразу даёт ответ на главный вопрос: перед нами не русская и не славянская фамилия, а балтийская, с характерным суффиксом. Окончание -онис (в литовском оригинале -onis) — один из типичных патронимических суффиксов в литовской антропонимике, указывающий на принадлежность к отцу или роду. По модели образования Нагинионис означает «сын (или потомок) Нагинаса» либо «человек из рода Нагиниса».

Основа «Нагин-» восходит к литовскому слову naginė — «копыто» или, в переносном смысле, «копытное животное». Прозвище Нагинас мог получить человек с каким-то намёком на эту деталь: возможно, с грубой походкой, с мозолистыми, «копытными» ступнями, либо тот, кто держал скот, работал с лошадьми. В литовских говорах слово могло звучать и как nagys — «коготь, ноготь», но связь с копытом надёжнее подтверждается словарями литовских фамилий (например, работами К. Кузавиниса).

Русские переписчики и чиновники в XIX веке, сталкиваясь с литовскими фамилиями, часто записывали их на слух, поэтому Нагинионис мог фиксироваться в метриках как Нагинионис, Нагинёнис, а в польской передаче — как Naginionis. Сословно фамилия не даёт подсказок: литовские -онис встречались и у крестьян, и у мелкой шляхты. Географически фамилия тяготеет к исторической Жемайтии и Аукштайтии — современной Литве, а также к приграничным районам Беларуси и Польши, где жили литовцы.

В русском контексте фамилия остаётся редкой и экзотичной: носители могли переселиться в Российскую империю или СССР в ходе миграций XX века, но массового распространения она не получила. Если вы встретили её в российских архивах, скорее всего, предки происходили из Западного края или из Литвы, а сама фамилия хранит память о прозвище, связанном с крестьянским бытом или внешностью.