Фамилия Нагубникова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от сотен фамилий на -ов, образованных от крестильных имён, эта явно ведёт начало от прозвища или названия предмета. Основа здесь — «нагубник», и именно от неё пошла фамилия.

Само слово «нагубник» в русских говорах имело несколько значений. Самое прямое — то, что надевают на губы: деталь конской сбруи (часть уздечки, которая лежит поверх губ лошади) или, в более позднем быту, нагубник у музыкального инструмента, например у губной гармошки. Однако для прозвища человека логичнее другая версия: «нагубник» могли называть того, кто имел какую-то особенность губ — например, припухлость, заячью губу или привычку кривиться. В ономастике известен принцип, когда фамилии образовывались от названий частей тела с приставками (Нащекин, Налобников, Науменков — от «на уме»). Нагубников стоит в том же ряду: человек получил прозвище Нагубник, а его потомки стали Нагубниковыми.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Нагубникова сын, то есть потомок Нагубника. Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму прилагательного в женском роде (Нагубникова), что типично для русских фамилий, но в мужском варианте окончание -ов, а не -ин, что говорит о том, что основа оканчивалась на твёрдый согласный.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России. В дореволюционных переписях она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища были живыми и конкретными. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания «Нагубников» нет, но модель образования полностью укладывается в описанные им типы прозвищных фамилий от названий деталей одежды и снаряжения.

Если сравнивать с однокоренными — Нагубный, Нагубкин — то фамилия Нагубникова самая полная по форме. Она не несёт отрицательного оттенка, хотя в быту могла ассоциироваться с чем-то неловким или смешным. Для носителя фамилии это редкий случай, когда происхождение можно проследить почти буквально: предок либо имел приметную черту лица, либо работал с конской упряжью.