Фамилия Накагутова — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не славянское, а тюркское или, точнее, бурятско-монгольское. Основа фамилии — «Накагут» — скорее всего, является вариантом бурятского имени или прозвища. В бурятском языке слово «нага» (наха) может означать «старший», «дядя по матери», а «гут» — аффикс, встречающийся в родовых именах. Полное имя Накагут могло означать «старший родич» или «почтенный дядя». Типичный для бурятских фамилий суффикс -ов/-ев (в женском роде -ова) присоединили к основе при русификации в XIX–XX веках, когда кочевые народы массово получали фамилии по отцу.

Географически фамилия тяготеет к Забайкалью и Бурятии. Носители — потомки бурятских родов, которые вели полукочевой образ жизни, занимались скотоводством и охотой. Фамилия не получила широкого распространения за пределами региона, что делает её маркером конкретной локальной группы. Встречаются варианты написания: Накагутов (мужской род) и Накагутова (женский), а также возможные искажения в метриках — Накагудова или Нахангутова, но корень остаётся тем же.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия нестандартна для русского уха: основа не делится на привычные корень и суффикс, как в «Кузнецов» или «Попов». Здесь мы видим заимствованное личное имя, к которому механически прикрепили русский патронимический суффикс. Это типично для поздних фамилий народов Сибири и Дальнего Востока, где ассимиляция шла через бюрократическую фиксацию. Альтернативная версия, связывающая фамилию с японским «накагути» (срединный вход), маловероятна — японские фамилии в русской записи крайне редки и обычно не имеют суффикса -ов.

Таким образом, Накагутова — фамилия, указывающая на бурятские корни, конкретное родовое имя и историю адаптации к русской системе фамилий. Носители могут проследить свою генеалогию до степных родов Забайкалья, где имя передавалось по мужской линии.