Фамилия Нахпекова — редкая и неочевидная с точки зрения русского языка. Чтобы понять её корни, стоит отбросить привычную модель «основа + суффикс принадлежности». В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, здесь суффикс -ова — женский вариант, а мужская форма — Нахпеков. Но сама основа «Нахпек» не похожа ни на славянское личное имя, ни на прозвище от профессии.

Наиболее вероятное объяснение — тюркское происхождение. В тюркских языках (особенно кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) распространена модель, где первая часть сложного имени — «Нах» (от арабского «нахль» — пальма, или как вариант «нах» — «род», «племя»), а вторая — «пек» (бек, князь, господин). То есть «Нахпек» могло означать «князь рода» или «господин пальмы» (последнее — метафора благородства и плодородия). Фамилия могла образоваться от мужского личного имени Нахпек, которое давали мальчику в знак высокого происхождения или пожелания власти.

Географически фамилия Нахпекова встречается в основном на Северном Кавказе, особенно среди кабардинцев, балкарцев и кумыков. Это указывает на то, что предки носителя фамилии были, скорее всего, из тюркоязычной или адыгской среды, где такие составные имена были нормой. Русский суффикс -ов/-ова прикрепился к основе уже при документальном оформлении фамилии в XIX — начале XX века, когда горцев массово записывали в метрики и ревизские сказки.

Есть и менее убедительная версия — от тюркского «нахпек» как искажённого «нахибек» (нахи — «пастух», бек — «господин»). Но она слабее, так как «нахи» — не самый частый компонент в именах. Правдоподобнее считать, что перед нами аристократическое по смыслу имя, которое со временем стало фамилией, закрепившейся на определённой территории. Никаких широко известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках нет — она остаётся локальной и семейной.