Фамилия Нахшунова — одна из тех, где географическая привязка говорит больше, чем разбор корня. Её основа — мужское имя Нахшун, которое почти не встречается за пределами еврейской традиции. В Танахе, в Книге Чисел, Нахшон бен Аминадав — глава колена Иуды, первым вошедший в воды Красного моря. Имя значит «предсказатель, провидец» или, по другой версии, «змея, дракон» — древний семитский корень с двойной символикой мудрости и опасности.

Фамилия образована по стандартной для России патронимической модели: к основе Нахшун прибавили русский суффикс -ов и женское окончание -а. Носительница фамилии — потомок человека по имени Нахшун. Такая модель типична для ашкеназских еврейских фамилий, которые в XIX веке массово фиксировали в Российской империи по мужскому имени отца. Суффикс -ов, а не -ин, указывает, что имя отца оканчивалось на согласный.

Географически фамилия тяготеет к югу Украины и Молдавии — регионам черты оседлости, где в метрических книгах и ревизских сказках фиксировали еврейские фамилии. Встречаемость низкая, Нахшунова — редкая фамилия даже среди ашкеназских: имя Нахшун в быту вытесняли более распространённые Абрам, Ицхок или Шмуэль. Поэтому предок, носивший такое имя, скорее всего, происходил из семьи, придерживавшейся старой библейской традиции именования, — или же это прозвище, данное за смелость или лидерские черты, напоминающие о поступке Нахшона.

Варианты написания в дореволюционных документах могли быть Нахшонов, Нахшунов, а в идишской записи — נאַכשונאָװ. Женская форма Нахшунова закрепилась, когда фамилию передавали по материнской линии или когда в советских паспортах просто записали окончание по полу носительницы. В целом фамилия — редкий случай, когда русский суффикс несёт библейское имя, почти не изменившееся за три тысячелетия.