Фамилия Нахупова — женская форма мужской фамилии Нахупов, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Вопреки возможным догадкам, её корень не связан с обсценной лексикой, а восходит к тюркским языкам, что типично для южнорусских, казачьих и поволжских фамилий.

Основа «Нахуп» — это, скорее всего, искажённое или адаптированное на русской почве тюркское имя или прозвище. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, ногайском) есть корень «нак» или «наг» со значением «метка», «знак», «цель», «чистый», «настоящий», а также «хоп/хуп» — звукоподражательное или означающее «хватать», «брать». Возможна и версия происхождения от арабского имени «Накиб» (староста, предводитель) через тюркское посредничество, где конечный звук мог измениться. Таким образом, прозвище Нахуп могло означать «меткий», «попадающий в цель» или «настоящий хозяин», а в бытовом плане — «хваткий», «ловкий» человек.

Фамилия редкая и территориально привязана. Основной ареал — Северный Кавказ и юг России, особенно Ставропольский край, Ростовская область и республики Северного Кавказа (Чечня, Ингушетия). В этих местах фамилия бытует у русских и казаков, а также у представителей тюркских и кавказских народов, чьи предки были крещены или русифицированы. Встречаются варианты написания «Нахупова» через «а» или с двойным «п», но основной — с одной «п».

С точки зрения словообразования, фамилия Нахупова — патронимическая (по отцу). Её носительница — потомок человека по прозвищу Нахуп. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «дочь Нахупа». В дореволюционной России такие фамилии редко встречались у дворянства, чаще — у крестьян, казаков и мещан, то есть у простых сословий. Казачьи фамилии нередко сохраняли тюркские корни, отражая многовековое соседство и смешение культур на границе степей.

Искать однокоренные фамилии стоит среди тюркских по происхождению: Нагиев, Нагаев, Нахушев, Хупов. Сравнение с фамилией Нахушев (от адыгского «нахъу» — «младший») показывает, что корни могут различаться даже при внешнем сходстве. В случае Нахуповой наиболее вероятна именно тюркская основа со значением «меткий» или «хваткий», что делает фамилию не просто именем, а характеристикой предка — человека ловкого и умелого.