Фамилия Накогутов — редкий и самобытный памятник славянской культуры, и её происхождение уводит нас вглубь веков, к прозвищам и ремёслам, а не к имени святого. В основе фамилии лежит прозвище Накогут, которое, скорее всего, связано с диалектным глаголом «когутать» — так в южнорусских и украинских говорах называли воркование голубя, а иногда и невнятную, тихую речь человека. Человек, получивший прозвище Накогут, мог быть обладателем мягкого, воркующего голоса либо, напротив, говорить неразборчиво, «когутать» себе под нос.

Модель образования фамилии проста и типична для восточных славян: к основе Накогут добавили патронимический суффикс -ов, который буквально означает «сын Накогута». Такие именования, по наблюдению Б. Унбегауна, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, но именно форма с суффиксом -ов закрепилась в великорусской традиции. Приставка «на-» в прозвище могла указывать на направление действия («накогутал», то есть наворковал) или служить усилительным элементом, что характерно для народной речи.

Существует и менее вероятная, но любопытная версия, связывающая основу со словом «когут» — так на украинском и в южнорусских говорах называют петуха. В этом случае прозвище Накогут могло получить человек задиристый, бойкий, с петушиной повадкой. Однако эта гипотеза кажется менее правдоподобной: приставка «на-» перед названием птицы встречается реже, чем перед глагольной формой.

Фамилия Накогутов — не дворянская и не княжеская, а крестьянско-ремесленная, что делает её особенно ценным источником семейной истории. Передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении индивида, о его предке, который жил, возможно, в южнорусских землях или на Слобожанщине, где подобные прозвища были в ходу. Географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались русское и украинское влияние, — это Курская, Воронежская, Белгородская области.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Накогутов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Но уже сейчас ясно: за этой фамилией стоит не абстрактное «случайное» именование, а живой портрет человека — то ли тихого говоруньи, то ли задиристого спорщика, чьё прозвище закрепилось за его потомками на века.