Фамилия Нактинис — один из тех случаев, когда форма записи на русском языке скрывает неочевидное происхождение. На слух она кажется славянской, но на деле почти наверняка имеет литовские корни. Всё дело в суффиксе: окончание -ис в русской передаче — верный признак литовской фамилии мужского рода. В Литве такие фамилии оканчиваются на -is, и при адаптации в русском языке конечный -с часто сохраняли, а ударение смещали на последний слог (или оставляли на корне, как в данном случае). Таким образом, Нактинис — это русифицированная форма литовской фамилии Naktinis.

Основа фамилии — литовское слово naktis, что значит «ночь». Суффикс -in- указывает на принадлежность или свойство. Буквально Naktinis можно перевести как «ночной» или «относящийся к ночи». В славянской ономастике такая модель тоже встречается (ср. Ночников, Ночёвкин), но именно окончание -ис выдаёт балтское происхождение. Скорее всего, фамилия возникла как прозвище: «ночным» могли называть человека, который работал по ночам (сторож, пастух при ночном выпасе, мельник на ночном помоле) или родился в тёмное время суток.

С географической точки зрения, фамилия Naktinis распространена в Литве, особенно в северных и центральных районах (Жемайтия, Аукштайтия). В России и Беларуси она встречается редко, в основном у потомков литовских переселенцев XIX–XX веков. Вариант написания с одной «к» и без удвоения — норма для литовской орфографии, где нет двойных согласных в исконных словах. Если бы фамилия была славянской, мы бы ожидали форму вроде Ночкин или Ночников, но Нактинис — это прямой перенос балтской модели.

В исторических записях фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах Российской империи — это указывает на крестьянское или мещанское происхождение большинства носителей. В Литве фамилия не считается редкой, но за её пределами каждый случай требует отдельного генеалогического поиска: предки могли быть литовцами, переехавшими в Сибирь, Прибалтику или Польшу. Единственная сложность для исследователя — путаница с похожей фамилией Нактинис (с ударением на первый слог), которая может быть вариантом от литовского naktinis с тем же значением, но с иной акцентуацией.