Фамилия Накушенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко, в украинской ономастике означающий «сын» или «потомок», в XVI–XVIII веках массово формировал фамилии казаков и крестьян на Левобережной Украине, Слобожанщине и юге России. Накушенко буквально — «сын Накуша», где Накуш — прозвище или уменьшительная форма от имени, либо от нарицательного слова.

Основа «Накуш-» — самая сложная часть. Вероятнее всего, она восходит к глаголу «кусать» с приставкой на-. В украинских и южнорусских говорах «накушений» могло означать «покусанный», «искусанный», а прозвище Накуш — человека с отметинами на лице или теле от укусов (например, от животных или в драке). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «накуша» — человек, который много ест, «накусывает». Третья версия — происхождение от крестильного имени Никита через народные формы Никуш, Микуш, где начальное «на-» — результат фонетического изменения (Никуш → Накуш). Однако для фамилий на -енко характерна именно прозвищная основа, а не каноническое имя.

Интересно, что фамилия Накушенко не встречается среди старых казацких реестров XVII века — это говорит о её более позднем оформлении или локальном бытовании. Географически она чаще фиксировалась на территории современной Полтавской и Черкасской областей, а также в южных районах России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке.

В отличие от распространённых фамилий той же модели (Шевченко, Бондаренко), Накушенко остаётся редкой. Её носители — скорее всего, потомки одного небольшого рода, получившего прозвище за внешнюю примету или поведение. Никаких дворянских корней или громких исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано — она типично крестьянская, что подтверждает её прозвищное происхождение.