Фамилия Накусова — женская форма фамилии Накусов, и её разумнее разбирать в мужском варианте, так как именно он указывает на родоначальника. Сразу бросается в глаза необычная основа. В русских фамилиях часто встречаются корни, связанные с едой (Калашников, Пирогов), но «накус» — слово редкое и требует осторожности.

Самое правдоподобное объяснение — прозвище Накус, которое дали человеку с особой манерой есть, откусывать пищу. В говорах «накус» могло означать «надкус», «след от укуса» или даже «закуска». Прозвища по пищевым привычкам были распространены в крестьянской среде: так могли назвать любителя перекусить, того, кто постоянно что-то жевал, или, наоборот, привереду, который откусывал крошечные кусочки.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «накусать» в значении «нанести укусы» (например, комарами или собакой). В этом случае прозвище могло быть шутливым или ироничным, отсылающим к внешности или событию. Однако в ономастике более типичны прозвища от действий самого человека, а не от действий, совершённых над ним, поэтому версия с едой выглядит весомее.

По модели образования фамилия Накусов — типичная «патронимическая» на -ов, то есть «сын Накуса». Суффикс -ов указывает на принадлежность, и в XIX веке такие фамилии закрепились в основном у крестьян и мещан центральной России, особенно в чернозёмных губерниях. Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного ареала, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретном селе или волости.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кусов, Кусков, Накусин) показывает, что основа «кус» чаще встречается в варианте Кусков (от «кусок» или уменьшительного «кусок»). Накусов — более редкая форма с приставкой «на-», что усиливает её прозвищный, почти бытовой характер. Фамилия не дворянская и не духовная, её носители — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев, получивших фамилию по уличному прозвищу.