Фамилия Наменгенова — редкий случай, когда географический корень просматривается почти безошибочно. Основа «Наменген» — это искажённое или диалектное название города Наманган в Узбекистане. В русской и тюркской передаче «Наменген» вместо «Наманган» встречается в старой переписи и документах XIX — начала XX века, особенно среди переселенцев и купцов, имевших дело с Ферганской долиной.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилии по отчеству или принадлежности. Получается, что Наменгенов — это «сын человека из Намангана» или «сын того, кто прозван Наменгеном» (то есть уроженцем этого города). Женская форма Наменгенова, соответственно, закрепилась за дочерью или женой носителя исходной фамилии. Такая модель типична для русских фамилий, возникших в регионах с активными контактами с тюркскими народами: казаками, оседлыми татарами, торговцами из Средней Азии.

Вероятнее всего, предок носителей фамилии был выходцем из Намангана, который переселился в русскоязычную среду — например, на Урал, в Сибирь или в Оренбуржье. Прозвище «Наменген» закрепилось за ним в качестве указания на место рождения, а затем превратилось в фамилию, когда потомки обрусели и приняли русскую фамильную форму. Менее правдоподобна версия о происхождении от личного имени Наменген — такого имени в тюркском или арабском именослове не зафиксировано, все данные указывают именно на топоним.

Фамилия очень редкая. В современных справочниках и базах данных встречаются единичные записи, в основном по Поволжью и Южному Уралу. Это подтверждает версию о локальном происхождении: носители — потомки небольшой группы переселенцев, сохранивших память о родине предков в фамилии.