Фамилия Наншыбаева — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти однозначно, а вот с корнем всё сложнее. Она явно несёт следы тюркских языков, скорее всего казахского или киргизского, и образована по модели, типичной для фамилий на -баев/-баева. Суффикс -баев в тюркских фамилиях восходит к слову «бай» — богатый, хозяин, господин. Первоначально это был не суффикс, а часть составного имени или прозвища: «сын (или потомок) такого-то бая». Женская форма на -а указывает, что носительница — женщина, а мужской вариант, скорее всего, Наншыбаев.

Основа «Наншы» — самая загадочная часть. Можно предположить, что она восходит к тюркскому «нан» — хлеб. В таком случае «Наншыбай» могло означать «хлебный бай», то есть богатый человек, чьё состояние связано с хлебом, урожаем или торговлей зерном. Однако есть и другая, более вероятная версия: «Наншы» — это искажённое или диалектное произношение имени или прозвища. В казахском языке есть слово «наным» (вера, доверие) и «нану» (верить). Прозвище «Наншы» мог получить человек, который был особенно доверчив, или, наоборот, тот, кому все верили — праведник. Третий вариант: это вариант имени «Нанжы» или «Нанчжы» — в таком случае фамилия образована от личного имени, которое сейчас почти вышло из употребления.

Фамилия почти не встречается за пределами Средней Азии и Южного Казахстана. Это указывает на то, что род, скорее всего, был оседлым или полукочевым, занимался земледелием или скотоводством в районе Чимкента, Ташкента или Ферганской долины. В русских дореволюционных метриках и переписях она не фиксируется — значит, предки не входили в состав казачества или крестьянства центральной России, а получили фамилию уже в советское время, когда укоренилась практика записывать тюркские отчества и родовые прозвища в паспорт.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же двухосновных тюркских фамилий, как Алшыбаев, Конысбаев, Жолшыбаев. Все они построены по одной схеме: конкретное качество или занятие + «бай». Наншыбаева — не про аристократию и не про крепостных, а про человека, которого в роду запомнили по его связи с хлебом или верой.