Фамилия Наперковская — женская форма польской или западнорусской фамилии Наперковский. Мужской вариант, Наперковский, образован по продуктивной модели с суффиксом -ский, который в восточнославянской и польской традиции указывал на принадлежность к месту или роду. В основе фамилии лежит топоним — скорее всего, название населённого пункта вроде Наперково или Наперков. Такие названия встречаются в Польше и на западе Беларуси, и происходят они от личного имени или прозвища Наперок.

Корень «напер-» восходит к глаголу «напереть» или существительному «напор». В старину Наперком могли прозвать человека настойчивого, упрямого, напористого — того, кто «прёт напролом». В польском языке слово «napór» означает «натиск», «напор», а «naperek» — это «наперсток» (от «перст» — палец). Есть и другая, менее вероятная версия: связь с профессией — изготовителем напёрстков, то есть портным или ремесленником по металлу. Но прозвище по характеру выглядит более убедительным: фамилии на -ский редко образовывались напрямую от ремесленных прозвищ, они чаще привязывали человека к местности.

Географически фамилия Наперковская тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой: современные Польша, Беларусь, западная Украина. В России она встречается редко, чаще всего у потомков переселенцев или шляхты, которая после разделов Польши оказалась в составе Российской империи. Сословно носители фамилии Наперковский могли быть как крестьянами, взявшими фамилию по названию деревни, так и мелкой шляхтой — в польской традиции суффикс -ский был типичен для дворянских родов, хотя со временем его переняли и другие сословия.

В написании фамилии возможны варианты: Наперковская, Наперковска (полонизированная форма), реже — Напёрковская (с буквой «ё»). В русском языке ударение, скорее всего, падает на второй слог: Напе́рковская, хотя в польском оригинале могло быть и на предпоследний. Фамилия не слишком распространена, но сохранила чёткую этимологию, которая позволяет представить предка — либо жителя деревни Наперково, либо человека с характером, который запомнился окружающим своей напористостью.