Фамилия Напопиль — редкая и нестандартная для русского уха. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из языка идиш или иврита, где «Напопиль» может быть искажённой транслитерацией словосочетания, связанного с именем собственным или географическим названием.

Наиболее правдоподобная версия: фамилия образована от еврейского мужского имени Нафтали (Naftali) с добавлением уменьшительного или патронимического суффикса. В языках ашкеназских евреев (идиш) имя Нафтали нередко сокращалось до форм вроде Нафтоли, Нафтоле, а при переносе в славянскую среду могло трансформироваться в «Напополь» или «Напопиль». Конечное «-иль» — характерный признак восточноевропейской еврейской ономастики (ср. Абрамиль, Ицкиль). В таком случае предок носителя фамилии был сыном или потомком человека по имени Нафтали.

Вторая, менее вероятная версия — топонимическая. В Польше и на Украине существовали населённые пункты с корнем «Напоп» или «Напопов», но фамилия «Напопиль» к ним не примыкает по словообразованию. Встречается также единичное написание «Нопопиль» в старых метрических книгах Волынской губернии, что может указывать на искажение при записи чиновниками малознакомого еврейского имени.

Социальный контекст: если фамилия еврейская, её носители в XIX — начале XX века относились к мещанскому или купеческому сословию, жили в черте оседлости (территории современных Польши, Украины, Беларуси). В России после революции многие носители могли сменить фамилию на более «русскую» или сохранить её в неизменном виде — именно редкость и необычность сделали её устойчивой.

Словообразовательный разбор: основа «Напоп-» (от искажённого Naftali) + суффикс «-иль», типичный для западнорусских и еврейских фамилий, обозначающий принадлежность или уменьшительность. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Напопи́ль.