Фамилия Наппу — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда она кажется иноязычной, но её происхождение, скорее всего, исконное, хотя и неочевидное. Ключ к разгадке — в финальном -у: это не суффикс, а окончание, которое сохранилось в застывшей форме. Такие фамилии (типа Черных, Глухих, Косых) характерны для северных и сибирских говоров, где родительный падеж множественного числа закрепился в качестве фамильного прозвища. Наппу — это форма от «Наппый», что в диалектах означало «наплый, нахальный, дерзкий». То есть фамилия пошла от прозвища Наппой, которое дали человеку с бойким, бесцеремонным нравом.

Модель образования здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ых/-их образовывались от прилагательных во множественном числе (Молодых — от «молодые»). В случае с Наппу мы видим ту же логику: основа «напп-» (от «наплый») + окончание -у, где конечный -у — это редуцированная форма от -ых, характерная для некоторых севернорусских говоров (например, «у них ружьёв нету»). Таким образом, фамилия буквально означает «из семьи Наппых» или «из рода тех, кого прозвали Наппыми».

Версия о финно-угорском происхождении (от карельского или вепсского корня) маловероятна: в прибалтийско-финских языках нет слова, которое бы фонетически и семантически совпадало с «наппу». Скорее всего, это чисто русская диалектная фамилия, потерявшая связь с исходным прилагательным из-за редкого написания. Встречается она преимущественно в Архангельской области и в Карелии — именно там, где говор сохранил окончание -у в родительном падеже.

Сословной привязки у фамилии нет: прозвище Наппой мог получить и крестьянин, и посадский человек. В современных архивах носители фамилии встречаются редко, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — это не массовая фамилия, а локальное именование, за которым стоит конкретная ветвь и, вероятно, один общий предок.