Фамилия Натиголенко — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а глагольная форма, причём с явным украинским колоритом. Если разобрать её по составу, сразу бросается в глаза суффикс -енко, типичный для украинских фамилий и означающий «сын» или «потомок» (как у Шевченко, Коваленко). Корень же — «натигол» — звучит как повелительное наклонение: «натиголь!». В украинском языке «натигнути» означает «натянуть», а «голий» — «голый». Соединяясь, эти слова дают прозвище человеку, который, вероятно, любил ходить раздетым, не носил верхней одежды или, в переносном смысле, был беден до такой степени, что «нечего натянуть на голое тело».

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде запорожского казачества или крестьянства на территории современной центральной или восточной Украины. Там бытовала традиция давать прозвища по яркой, часто ироничной черте внешности или поведения. «Натиголенко» — это не просто указание на бедность, а скорее насмешливое прозвище для человека, который не стеснялся своей наготы или, наоборот, щеголял в рваной одежде. В старину такие прозвища не считались обидными — они фиксировали заметную особенность, которая отличала человека в общине.

Суффикс -енко окончательно закрепил фамилию за украинской антропонимической традицией. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывают на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко прямо говорят о происхождении от носителя прозвища: Натиголенко — «сын того, кого прозвали Натигол». Такая модель была особенно популярна в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне массово оформляли фамилии по отчеству или прозвищу.

Встречаются и альтернативные толкования. Некоторые исследователи допускают, что корень мог быть связан с диалектным «натигати» (настигать, догонять) — тогда прозвище могло относиться к быстрому или навязчивому человеку. Но эта версия слабее: в украинском языке глагол «натигати» не образует естественного сочетания с «голый», и слово «натигол» вне фамилии не зафиксировано. Куда логичнее видеть здесь именно бытовую, зримую характеристику — человека, который «натягивает голое», то есть одевается кое-как.

Географически фамилия Натиголенко встречается крайне редко, преимущественно в Украине и среди украинской диаспоры. В России она почти не распространена, что подтверждает её узкую региональную привязку к левобережным казачьим землям. Поскольку фамилия не относится к числу дворянских или купеческих, её носители, скорее всего, были крестьянами или казаками — людьми, чьи прозвища отражали суровый быт и небогатую, но выразительную народную речь.