Фамилия Нацвлишвили образована от грузинского nacvili, что в переводе на русский язык означает «скупой». Вероятно, предок обладателя фамилии Нацвлишвили был жадным человеком, за что он и получил прозвище Нацвли. Поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным, окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Нацвлишвили на основании глубоких генеалогических исследований.