Фамилия Науэр — редкий для России случай, когда немецкое по происхождению имя сохранилось почти без изменений и не перешло в патронимическую форму на -ов или -ин. Её основа — это топоним или, реже, прозвище, а не личное имя.

В подавляющем большинстве случаев Науэр — это немецкая фамилия, образованная от названия города Науэн (Nauen) в земле Бранденбург, к западу от Берлина. Немецкий суффикс -er в таких фамилиях выполняет ту же роль, что и русский -ский: он указывает на выходца из определённой местности. То есть Науэр — это «тот, кто из Науэна». В Германии фамилия Nauer встречается и в других вариантах написания, но русская транслитерация закрепила именно «Науэр».

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным немецким словом «Nauer» — «сосед» (от mittelhochdeutsch nâchgebûr). В этом случае фамилия могла быть прозвищем для человека, который поселился рядом с общиной или был известен своим соседским положением. Однако топонимическое объяснение считается более надёжным, так как фамилии, образованные от географических названий, в немецкой ономастике встречаются гораздо чаще, чем прозвищные от «соседа».

В Россию фамилия попала вместе с немецкими переселенцами, которых приглашала Екатерина II в XVIII веке. Немцы Поволжья, Причерноморья и Прибалтики оседали компактными колониями, и фамилия Науэр до сих пор встречается в тех регионах, где сохранились немецкие диаспоры: в Саратовской, Волгоградской областях, а также в Калининградской (бывшая Восточная Пруссия). В метрических книгах лютеранских церквей XIX века можно найти записи о Науэрах — крестьянах, ремесленниках и мещанах.

Особенность фамилии в том, что она не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Науэр, Ивану Науэр), а в женском роде остаётся неизменной. В русском языке у неё нет суффикса, который бы указывал на принадлежность к роду или сословию, — это прямая транслитерация немецкой формы, что делает её заметной на фоне типичных русских фамилий.